Wenn nicht explizit Briefpost gefordert ist, würde ich die Bewerbung per eMail schicken.
Als Format geht
nur PDF, es sei denn wieder, dass explizit etwas anderes gefordert wäre. Word z.B. verbietet sich alleine schon deswegen, weil du den Zeilen- und Seitenumbruch auf Empfängerseite nicht vorhersehen kannst.
In den Mail-Body kommt ein nettes Anschreiben ("... wie am ... mit ... besprochen, sende ich Ihnen ... blablabla ..."), das normale Bewerbungsanschreiben kommt mit ins PDF. Dieses ist dann genau so sortiert, wie eine Hardcopy, also: Anschreiben, Lebenslauf, Anlagen.
Wichtig ist, dass die Qualität der eingescannten Anlagen gut ist (und bitte die Vorlagen grade auflegen ...

) und dass die Dateigröße nicht zu gross wird. Mein Tipp für die Erstellung des PDFs ist OpenOffice.org, das hat eine eingebaute Funktion zum PDF-Export. Die Auflösung (und damit die Dateigröße) kannst du beim Export einstellen, da musst du einfach mal ein bisschen probieren.