So blöd das klingt: manuell nachfärben. Ich weiß, das hört sich doof an, aber bei mittelmäßig komplexen Bildern ist die Sache innerhalb von einer halben Stunde gegessen.
Ansonsten:
Versuche mal GIMP zu installieren, das ist komplett Open Source, kann aber gut mit solchen Problemen umgehen und für gewöhnlich klappt auch die Konvertierung reibungslos.
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