Ich würd auch erstmal messen, wie die beiden Batterien so beinand sind. Ob beide eben noch ihre ca. 12V bringen. Vermutlich ist nur die obere Bordnetzbatterie im Eimer, das reicht, um die ganzen Spinnereien zu erklären.
Hats denn fett gefunkt, als Du + an - geführt hast? Wenn ja, dann würd ich schon damit rechnen, dass irgendwo etwas durchgebrannt ist. Das Trennrelais zw. Starter- und Bord-Batt. sollte man dann u.a. genauer betrachten.
//Nachtrag: wer lesen kann, ist klar im Vorteil
Gut, also kleiner Funken, dann kann man hoffen, dass nichts oder nur wenig kaputtgegangen ist. Also erstmal Ball flach halten, aber wenn mehr kaputt ist als eine Batterie, würd ich mir einen fähigen Elektriker suchen, denn die Suche könnte kompliziert werden...