Als erstes solltest Du unter Win ein Defrag laufen lassen.
Windows verteilt Dateien wild auf der Platte, die wollen erst mal geordnet werden.
Dann kannst Du mit Partition-Magic die Win-Partition verkleinern und/oder auf 'ner zweiten Platte eine Linux-Partition erstellen.
Sie sagen zwar, daß Ubuntu seit Version 7.10 mit NTFS umgehen kann, denoch liest man immer wieder von Problemen.
Dieses Tool könnte Dir auch weiterhelfen:
SourceForge.net: Files
Das ist eine Live-CD zum Partitionieren. Lege damit nur eine Partion an, mehr nicht.
Den Rest macht nachher Ubuntu, wenn Du die Partition zur Installation angibst.
Partitionierung ? Wiki ? ubuntuusers.de
Ubuntu Installation ? Wiki ? ubuntuusers.de
Gruß Severin