da es nie einen mk4-upgradkit für einen e38er gab, geh ich davon aus, daß das navi vllt auf ein anderes auto kodiert ist und die antennensignale anders auswertet wie der dicke.
meine vorschläge:
a, wie schon genannt 15-20min gezielt "falsch" fahren
b, tür aufsperren, schlüssel in schloss auf stellung-0 lassen und alle türn und klappen zu lassen, dann wird der k-bus reseted und der gyro neu initialisiert, aber erst nach 2 minuten wird das automatisch gemacht

c, das navi auf e38 limo kodiern - nicht dass es au einem x kommt wo die antenne krummer drin ist
die schlimmste lösung:
d, hast du auch das GPS-Modul ausgebaut und das antennnkabel am mk4 angebracht
