Um die Spritpumpe lahmzulegen, gibt es praktischerweise eine entsprechend beschriftete Sicherung im vorderen Sicherungskasten. Einfach rausziehen und gut is!
Was den komplett leeren Motor angeht: Hast Du den Primärkettenspanner erneuert bzw. zum reinigen geleert? Wenn ja, würde ich empfehlen, ihn nochmal auszubauen und per Hand mit Öl zu füllen. So ganz ohne die dämpfende Wirkung der Ölfüllung ist die kleine Feder im Spanner den auftretenden Kräftden nicht gewachsen und die Kette schlägt wüst im Kasten rum -.- Ist mir einmal passiert und ich dachte beim Startversuch, ich hab mir den Motor geschrottet...
Um das Getriebe brauchst Du Dir ansich erstmal keine Sorgen machen, solange da keine Kräfte wirken (Fahrbetrieb), sollte auch ein zu niedriger Ölstand kein Problem darstellen.