Man, man, ich glaube da hast du dir ganz schön viel vorgenommen bei den Vorkenntnissen die du hast. Aber versuchen wir mal deine Probleme zu klären.....
1) Du hast bei deinem System einen Hoch, einen Mittel und einen Tieftöner, daher die beiden und nein, er muss nicht drinnen bleiben , es sei denn du hast Telefon, dann schliesse ich es immer an den Mitteltöner an wenn man die originalen Doppelschwingspulenlautsprecher wechselt.
2) einkleben in die originale Fassung mit Ausrichtung Ohr

Kalotte wäre schwenkbar wenn du die Hochtöner in die mitgelieferte Fassung steckst, dann sind sie schwenkbar
3) bessere Lösung wäre die dickeren Kabel einzubauen, allerdings mit den originalen Steckern in den Türen etwas schwieriger und m.M nach auch nicht notwendig bei dem System welches du einbauen möchtest
4) Chinchkabel legst du am besten dort entlang wo am wenigsten andere Stromkabel liegen, wegen dan eventuell auftretender Störeinstreuungen, also entweder unter der Mittelkonsole entlang oder wenigstens an der linken Fahrzeugseite am Schweller
5) die originalen Stecker abschneiden und mit Verbindern die anderen ancrimpen
6) genau dort und ich nehme doppelseitiges Klebeband dazu
7) Kannst du mit Heisskleber zumachen aber du solltet zusehen das du sauberer arbeitest beim ausschneiden, da du nichts weisst ob der Kleber so noch hält, ich nehme dafür Silikon.
8) kann ich dir nicht helfen, ich verbaue Free Air
9) bei deinem Baujahr läuft kein PDC über die Lautsprecher, also ken Problem.
10) ausbauen
ich hoffe ich konnte dir helfen und nun viel Spass beim einbauen
Gruss immeranders