[BMWupptich]

Mach das bloss nicht! Bei abgeklemmter Batterie während des Motorlaufs schiesst du dir die Lima (Regler) und eventuell noch andere Elektronik ab.
Wenn du wirklich bei laufendem Motor an der Batterie spielen musst, auf jeden Fall möglichst alle Verbraucher einschalten, damit Spannungsspitzen vermieden werden!

Zu deinem Problem:
Ich hatte mal so einen Wagen mit zwei Batterien hier - das geht nur gut, wenn beide Batterien ungefähr den gleich (guten) Ladezustand haben. Da das Trennrelais eigentlich ein Umschaltrelais ist, wird - aus welchen Gründen auch immer - von der einen auf die andere Batterie umgeschaltet und wenn die "leer" ist, bleibste an der hängen, da diese dann zuerst geladen werden soll...

Aber, das Einbrechen der Boardspannung dürfte eher auf abgeleierte Kohlen oder einen defekten Regler zurückzuführen sein als auf eine Batterie, solange diese keinen Zellenschluss hat.