Ich hatte das Problem bei meinem E39 523i einmal.
So wie bei Dir beschrieben fing es an. Dann wurde es immer schlimmer mit den Aussetzern bis ich kaum noch fahren konnte. Bei höheren Drehzahlen gab es fast keine Probleme (ausser zum Schluß hin), nur im Teillastbereich. Musste dann immer so mit 3000UpM anfahren, das sah bestimmt lustig aus.
Durch Zufall hab ich den Stecker vom Motorsteuergerät mal abgenommen und er war leicht korrodiert.
Hab das mit Kontaktspray behandelt und X-Mal auf und zugesteckt und siehe da, das Problem ist seit 1,5 Jahren nicht mehr aufgetaucht. Komischerweise ist das auch nur im warmen Zustand aufgetreten...
Probiers einfach mal, kostet ja nix und dann kannst es ausschließen. Ich hab auch erst auf Zündspulen getippt.