Hatte ich an meinem e36 mal, da hat mir aber vorher jmd die Scheibe eingeschlagen 

Nachdem ich die ausgetauscht hatte, funktionierte alles ohne Probleme und Geräusche 

 bis dann nach ein paar Wochen das von dir beschriebene auftrat.
Es hatte sich ein Glassplitter in dem Fett der Laufschiene es Fensterhebers eingenistet -kA wo der noch hergekommen ist- das Teilchen schliff immer irgendwo her und blockierte die Endstellung des Hebers. 
Vll liegt bei dir auch irgendetwas im Weg? Musste wohl einfach mal die Türverkleidung wegmachen und nachschauen. Könnte auch etwas abgebrochen sein.